Распространенной и потенциально летальной болезнью шиншилл является интерит. Наиболее частой причиной интерита является нерациональное кормление, а именно избыток жиров и белков в рационе. Этот нерациолнальный подход изменяет желудочно-кишечную флору, ферментативные процессы и перистальтику пищеварительного тракта, что приводит к росту патогенной флоры и энтеротоксимии. У шиншилл энтеротоксимию вызывают следующие бактерии - Pseudomonas spp, Salmonella, E. coli и Clostridium spp.

      Клостридиальная энтеротоксимия вызывает острую диарею и быструю гибель молодых шиншилл в возрасте 2-4 месяцев. Энетрит вызывает продолжительное приминение антибиотиков, инвазия нематодами, кокцидиями, Cryptosporidium spp, Sarcocystis, Listeria monocytogenes  и Yersinia pseudotuberculosis.   

     Giardia ( в отечественной практике более распространено устаревшее название паразита Lamblia intestinalis) была обнаружена у шиншилл без клинических признаков заболевания - считается, что это часть нормальной флоры желудочно-кишечного тракта. Однако стрессы и неудовлетворительное содержание могут стимулировать рост Gardia, что приводит к клиническому заболеванию. При признаках острой диареи следует сделать анализ свежего кала на присутствие  Gardia. При гиардиозе нарушаются процессы ассимиляции липидов, углеводов и витаминов C и B_12. При подозрении на гиардиоз животным назначают метронидазол, однако у шиншилл были отмечены отравления при применении метронидазола, которые приводили к печеночной недостаточности. Альтернативным лечением может быть назначение альбендазола или фенбендазола в дозе 50-100 мг/кг перорально или 25мг/кг перорально 1 раз в день в течении 3 дней. Патогенность Gardia для шиншилл остается спорной, поэтому требуются дальнейшие исследования.

      Выявление этиологии энтерита достаточно сложно. Следует произвести копрологическое исследование из яйца гельмитов, культивирование и рентгенографию. Лечение симптоматическое, по показаниям назначают инфузионную терапию, антигельметики и антибиотики. Клиническими проблемами, которые вызывают энтерит, являются диарея, анорексия, вздутие области живота, стирание зубов. Течение хронического энетрита приводит к копростазу, инвагинации кишечника и пролапсу прямой кишки.